En relación con las competencias y funciones de los departamentos se propone: que el gobernador tenga la función de armonizar los planes de ordenamiento territorial municipal, con el fin de que no interfieran con el desarrollo regional y promuevan la integración armónica del territorio; se reitera a la entidad territorial departamental como nivel Intermedio de Gobierno, para que actúe como eje del desarrollo local, armónico e integral de la política sectorial de la nación en el territorio; los departamentos podrán crear provincias administrativas y de planificación al interior de su territorio, con los municipios que las conforman y que participarán proporcionalmente de las rentas del departamento, en la forma en que el Gobernador lo establezca.
La propuesta asigna la función específica de prevención y mitigación del riesgo medioambiental a los gobernadores; se establece, que en cada departamento funcionará una Junta Departamental de Coordinación Municipal, encargada, entre otras funciones, de coordinar, apoyar y complementar la acción de los municipios de su territorio y de facilitar la intermediación entre éstos y la nación. El proyecto establece que la Nación podrá delegar en los departamentos el ejercicio de algunas atribuciones propias de los organismos y entidades públicas nacionales, trasladando recursos, funciones y competencias ejecutoras y de coordinación, tal delegación se realizaría para temas relacionados con agricultura, adecuación de tierras, reforma agraria, medio ambiente, capacitación para el empleo, ciencia y tecnología, competitividad, sistemas de información, catastro, cooperación técnica internacional, bienestar familiar, atención a la población vulnerable, turismo y vías secundarias.
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